Mimo że nasza parafia pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa w Klemensowie (z obecną siedzibą w Bodaczowie) została utworzona 12 września 1989 roku, to jednak początki kultu Bożego i posługi sakramentalnej w kaplicy przy pałacu Zamoyskich w Klemensowie, która przez niemal dwadzieścia lat służyła jako kościół parafialny, sięgają nie tylko dziesiątek, ale nawet setek lat wstecz. A wszystko zaczęło się, gdy w latach 1744-1747 Zamoyscy zbudowali w Klemensowie barokowy pałac. Z czasem dobudowano do niego dwa boczne pawilony. W spisie inwentarza z 1794 zaznaczono, że cały prawy pawilon został przeznaczony na kaplicę (dwukondygnacyjną). Chociaż kaplica była prywatną własnością rodu Zamoyskich, mieszkańcy okolicznych wiosek mieli do niej prawo wstępu i możliwość korzystania z posługi sakramentalnej kapłanów w kaplicy. Lata 1826-1841 to czas przebudowy pałacu i przeniesienia kaplicy do prawego łącznika. Dotychczasowa kaplica została przebudowana na skarbiec i bibliotekę.
Po zakończeniu II wojny światowej Siostry Franciszkanki Misjonarki Maryi (FMM), opiekujące się pałacem, zwróciły się do Biskupa Lubelskiego Stefana Wyszyńskiego z prośbą o urządzenie kaplicy z prawem do przechowywania Najświętszego Sakramentu w dawnej oranżerii pałacu Zamoyskich w Klemensowie (zbudowanej w roku 1815) dla wiernych z okolicznych wiosek, którzy z racji znacznych odległości do swych świątyń parafialnych (Szczebrzeszyn, Wielącza, Tworyczów) nie uczestniczyli czynnie w życiu swych parafii. Po dostosowaniu oranżerii do kultu kaplica została poświęcona 9 maja 1948 roku przez ks. kanonika Stanisława Szepietowskiego ze Szczebrzeszyna. Od tego czasu w niedziele i święta zaczęto w kaplicy odprawiać Msze św. dla wiernych. Opiekę nad kaplicą biskup powierzył kapelanowi Sióstr FMM (w latach 1948-1950 był nim ks. Stanisław Harasowski) W przypadku jego nieobecności nad kaplicą miał czuwać proboszcz parafii św. Mikołaja w Szczebrzeszynie, gdyż Klemensów znajdował się na terenie tejże parafii.
Przed wizytacją biskupią mającą się odbyć 20 czerwca 1954 r. dokonano kolejnych prac przy kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego (m.in. powiększono kaplicę, położono nowy dach, wybudowano murowane zakrystie oraz wykonano nową posadzkę). 28 listopada 1954 r. poświęcono nowy ołtarz. Poświęcenia dokonał dziekan szczebrzeszyński ks. kan. Szepietowski w asyście proboszcza z Wielączy ks. Franciszka Sokoła i administratora kaplicy w Klemensowie ks. Jacka Żórawskiego, który jednocześnie był kapelanem sióstr. W 1958 roku zbudowano nowy chór, a w roku kolejnym do użytku oddano nowe, jedenastogłosowe organy (po wybudowaniu kościoła parafialnego w Bodaczowie zostały do niego przeniesione).
28 kwietnia 1958 roku lubelska Kuria Biskupia zmieniła status kaplicy z półpublicznej na publiczną, jednocześnie tworząc przy niej rektorat. Pierwszym rektorem został mianowany ks. Jacek Żórawski – kapelan sióstr. Do pomocy w kaplicy ks. biskup przydzielił ks. Kazimierza Żydowo.
Już w latach sześćdziesiątych punkty katechetyczne znajdowały się w Klemensowie, Bodaczowie, Deszkowicach II „Starej Wsi” i Deszkowicach II „Rudkach”.
W 1964 podczas wizytacji biskup Jan Mazur, sufragan lubelski, poświęcił trzy nowe dzwony dla kaplicy. Największy z nich (350 kg) stanowi wotum wdzięczności za tysiąclecie chrześcijaństwa w Polsce. Otrzymał on imię Maryja. Dwa kolejne dzwony to Józef (250 kg) i Tereska (100 kg). Obecnie dzwony znajdują się przy kościele w Bodaczowie.
Druga połowa lat sześćdziesiątych XX w. wiąże się z wprowadzaniem w Kościele soborowej odnowy liturgii (m. in. Msza św. w językach narodowych, czy też ustawienie ołtarza w centrum zgromadzenia eucharystycznego). W sierpniu 1965 roku poświęcono w kaplicy nowy ołtarz dostosowany do odnowionej liturgii. Na uwagę zasługuje fakt, że był to jeden z pierwszych tego rodzaju ołtarzy w Diecezji Lubelskiej. Rok 1967 to czas odnowienia wnętrza kaplicy (malowanie ścian, umieszczenie w głównym ołtarzu rzeźbionego krucyfiksu, zakup nowych obrazów oraz wymalowanie na bocznych ścianach postaci najbardziej znanych polskich świętych).
W latach 1970 i 1971 w kaplicy zamontowano i poświęcono nowe witraże przedstawiające symbole eucharystyczne. Oczywiście po wybudowaniu nowego kościoła parafialnego witraże, podobnie jak organy i dzwony (oraz nowe ławki wykonane w roku 1972 i konfesjonały z 1975) zostały przeniesione do nowej świątyni.
Kaplica w Klemensowie od początku podlegała jurysdykcji parafialnej ze Szczebrzeszyna. Warto nadmienić, że dziekan ze Szczebrzeszyna zabiegał o utworzenie kaplicy w Klemensowie. 23.11.1972 r. Biskup Lubelski polecił rektorowi kościoła prowadzenie samodzielnych ksiąg metrykalnych dla wiernych korzystających z posługi sakramentalnej w Klemensowie. Od 1973 rozpoczęto starania o utworzenie cmentarza grzebalnego na terenie bezpośrednio przyległym do parku, jednak władze komunistyczne nie były przychylne tej inicjatywie i nie zezwoliły na to.
Według danych z lat 1972-1973 kaplica w Klemensowie obejmowała swym duszpasterskim zasięgiem około 5000 wiernych. Około 4200 wiernych należało do miejscowości obejmujących: Bodaczów, Deszkowice I (część), Deszkowice II, Kolonia Niedzieliska (część), Klemensów – Park, Kulików, Michalów, które duszpasterstwo z Klemensowa miało powierzonych swej pieczy, zaś około 800 wiernych to pozostali mieszkańcy Niedzielisk Kolonii, Wielączy – Komasacji oraz Klemensowa – Osiedla, którzy co prawda nie podlegali pod Klemensów, ale korzystali z posługi w kaplicy w parku. 13 listopada 1974 roku Biskup Lubelski wraz z duszpasterzami z Klemensowa i okolicznych parafii (Szczebrzeszyn, Tworyczów, Wielącza) ustalił granice pod przyszłą parafię (do miejscowości wyżej wymienionych dołączył Klemensów – Osiedle). Jednocześnie Biskup skierował do władz wojewódzkich prośbę o udzielenie zgody na utworzenie parafii. Do prośby dołączono podpisy 4000 osób, jednak jak można się było spodziewać po władzy ludowej, zgody nie otrzymano. Co ciekawe, jednocześnie nałożono na rektora kościoła w Klemensowie podatek, jaki każdy proboszcz płaci od ilości wiernych należących do powierzonej mu parafii. Rektor więc stał się w świetle prawa proboszczem bez formalnej parafii, a jego współpracownicy wikariuszami. Klemensów stał się samodzielnym ośrodkiem duszpasterskim.
Od lat siedemdziesiątych w Klemensowie w niedziele i święta sprawowano pięć Eucharystii (6:30 w kaplicy Sióstr FMM, 7:30 dla dzieci, 9:00 dla młodzieży i inteligencji, o 11:00 dla wszystkich i o 16:00 dla pracujących). Podczas dni powszednich były sprawowane dwie Msze św.: jedna w kaplicy sióstr (o 6:15), a druga w kaplicy dostępnej dla wszystkich (o 7:30).
Od lat 1974-1975 w Klemensowie zaczęto organizować rekolekcje oazowe dla młodzieży z Diecezji Lubelskiej. Były to pierwsze rekolekcje Ruchu Światło-Życie na terenie diecezji. Często podczas wakacji obywało się tutaj kilka turnusów rekolekcji oazowych.
Na początku lat osiemdziesiątych utworzono w pałacu Diecezjalny Dom Rekolekcyjny Diecezji Lubelskiej, w którym odbyło się wiele rekolekcji zamkniętych dla różnych grup. Dom rekolekcyjny przestał funkcjonować wraz z odejściem z parafii Sióstr Franciszkanek Misjonarek Maryi w roku 1993.
W latach 1983-1984 w Bodaczowie obok szkoły wybudowano dom katechetyczny, który służył do nauki katechetycznej aż do czasu powrotu religii do szkół w latach dziewięćdziesiątych.
12 września 1989 r. wreszcie utworzono Parafię Rzymskokatolicką pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa w Klemensowie. Siedzibą parafii został ustanowiony kościół NSPJ – dawna oranżeria.
Gdy w 1991 roku proboszcz parafii zwrócił się z prośbą do władz ministerialnych w sprawie lokalizacji gruntów pod cmentarz parafialny, ministerstwo zasugerowało wyprowadzeni się z kościoła w parku i budowę nowych kościołów. Podjęto starania o zlokalizowanie działek pod kościół i cmentarz w Bodaczowie.
W roku 1993 nastąpiła zmiana proboszcza – ks. Romualda Bekiera zastąpił ks. Józef Zwolak. Rozpoczął on konsultacje z Radą Parafialną i resztą parafian w sprawie wyboru terenu pod lokalizację kościoła i cmentarza parafialnego. Oczywiście wśród parafian były różnice zdań, jednak w końcu doszło do konsensusu i zdecydowano o terenie na pograniczu pól Bodaczowa i Michalowa ze wschodniej strony parku. Pozyskano działki i wystąpiono do odpowiednich organów państwa o zmianę przeznaczenia gruntów z rolnych na teren pod kościół i cmentarz.
Pod koniec 1993 roku rozpoczęto prace równania terenu, jednak zima wstrzymała je na pewien czas.
14 stycznia 1994 r. Biskup Jan Śrutwa udzielił parafii przywileju sprawowania dodatkowego odpustu ku czci św. Floriana – patrona strażaków, w pierwszą niedzielę po 4 maja każdego roku.
W czerwcu 1994 r. wybrano architekta, który miał projektować kościół.
14 września 1994 roku podczas pielgrzymki Straży Pożarnych z Województwa Zamojskiego, na którą wraz ze strażakami udał się ks. proboszcz Józef Zwolak jako kapelan straży, papież Jan Paweł II poświęcił kamienie węgielne pod budowę naszego kościoła. Kamienie są dwa: jeden pochodzi z Katakumb, a drugi z Koloseum.
W roku 1997 nowym proboszczem został mianowany ks. Ryszard Wróbel, który od początku swej posługi bardzo zaangażował się w dzieło budowy kościoła parafialnego. Niedługo po jego nominacji ruszyły prace na placu kościelnym. Przy ogromnym zaangażowaniu i wkładzie materialnym niemal wszystkich parafian, w roku 2008 zakończono prace budowlane, a nasza wspólnota mogła cieszyć się nowym, dużym, nowoczesnym i bardzo dobrze przemyślanym kościołem dedykowanym Najświętszemu Sercu Pana Jezusa i Matce Bożej Nieustającej Pomocy. Kościół zbudowano według projektu inż. Władysława Frąckiewicza z Krasnegostawu jako kościół trzynawowy z przyległą boczną kaplicą dedykowaną św. Florianowi. Na zapleczu kościoła są umieszczone m.in. trzy sale do spotkań duszpasterskich oraz mieszkanie gościnne. Obok kościoła wybudowano plebanię (oddaną do użytku w roku 2009) oraz budynek gospodarczy.
W roku 1999 z parafii wyłączono dwie miejscowości: Kulików i część Deszkowic I, które przeszły do nowopowstałej parafii w Deszkowicach I. W roku 2000 do użytku oddano kaplicę przedpogrzebową.
26 czerwca 2008 podczas wizytacji kanonicznej Biskup Zamojsko-Lubaczowski Wacław Depo przeniósł procesjonalnie Najświętszy Sakrament do nowego kościoła. Od tej pory cały kult Boży jest sprawowany w nowej świątyni.
Konsekracja kościoła nastąpiła 8 października 2011 r. Konsekracja to przeznaczenie budynku kościelnego jedynie do celów religijnych. Była to wielka uroczystość stanowiąca pieczęć nad budową kościoła. Została ona przygotowana przez ks. Ryszarda Wróbla, który był proboszczem parafii przez czas budowy kościoła.